საქართველოს ადგილობრივ თვითმმართველობათა ეროვნული ასოციაციის მთავარ მმართველ ორგანოს წარმოადგენს ასოციაციის აღმასრულებელი საბჭო, რომელიც იღებს გადაწყვეტილებებს ასოციაციის საქმიანობის ყველა მიმართულების შესახებ. ეროვნული ასოციაციის წარმომადგენლობით ფუნქციას ახორციელებს ასოციაციის პრეზიდენტი. ასოციაციის ვიცე-პრეზიდენტები ასოციაციის პრეზიდენტის დავალებით კურირებენ ორგანიზაციის საქმიანობის ძირითად მიმართულებებს და ზედამხედველობას უწევენ შესაბამისი კომისიების მუშაობას.